Playground

Tempat ini ditujukan untuk ruang publik bagi pengunjung dan menyediakan wahana bermain untuk anak-anak, seperti; Pipa Bercerita, Parabola Berbisik, Rumah Pohon, Air Menari, Koridor Air, Desaku Permai, Spektrum Warna Dinding Berdendang, Sistem Katrol, Jembatan Goyang, Jungkat-jungkit, Istana Pasir, Engklek, dan Forum Batu

Gedung Heritage

Sebagai tempat pendidikan anak usia dini (PAUD), yaitu anak-anak usia pra-sekolah dan taman kanak-kanak (TK)

Gedung Oval

Pengenalan linkungan, eksibisi ilmu pengetahuan, zona pemaparan, sejarah dan teknologi berada di sona ini.

Gedung Kotak

Merupakan gedung yang terdiri dari 3 lantai.

1. Lantai pertama; ruang pameran, ruang audiovisual, radio anak Jogja, food court, dan souvenier counter.
2. Lantai kedua; zona materi dasar dan penerapan ilmu pengetahuan dan teknologi, terdiri dari Indonesiaku, jembatan sains, teknologi populer, teknologi canggih, dan perpustakaan.
3. Lantai ketiga; terdiri dari laboratorium sains, animasi dan televisi, serta kelas latihan.

Planetarium

    Wahana planetarium di Taman Pintar ini merupakan satu-satunya yang ada di Indonesia yang yang sudah menggunakan proyektor digital. Wahana ini menyuguhkan pengunjung kondisi langit Yogya pada malam hari secara real time, dan pemutaran film tata surya serta pemutaran film manusia roket yang dapat memotivasi anak-anak untuk mempelajari astronomi.